O cultivo e a miniaturização de árvores surgiu na China entre os séculos IX e X , elas eram consideradas como uma expressão da harmonia entre o céu, a terra,  o homem e a natureza, experimentando a passagem das estações do ano e trazendo toda a simbologia da natureza para dentro das casas dos nobres chineses.
Os primeiros espécimes não eram cultivados nem moldados pelos homens como acontece hoje, eram coletados na natureza, mais especificamente nas montanhas onde ficavam sujeitas a todas as forças da natureza como frio, vento, neve, fogo e em muitos casos as árvores, por crescerem em solo excessivamente pedregoso, tinham seu crescimento prejudicado se transformando naturalmente em árvores anãs e esses espécimes eram disputados pelos coletores que os presenteavam ou até vendiam aos nobres por altos valores.
Por volta do ano 1300 a prática de cultivar pequenas árvores em vasos chegou ao Japão e logo foi adotada pela nobreza, iniciando um processo de refinamento do cultivo que se transformou aos poucos em arte, foi no Japão também que surgiu a palavra bonsai, com origem na palavra chinesa pun-sai, que significa cultivar em um vaso, os japoneses criaram a palavra bonsai que significa plantado em uma bandeja.
O Japão não é o berço do bonsai mas sem dúvida foi onde ele se transformou na arte que conhecemos hoje, onde foram criados os estilos e as regras, baseadas na observação criteriosa da natureza para assim reproduzir com perfeição aquilo que era observado nas montanhas e vales.
No Japão o bonsai foi adotado pela filosofia zen por causa de toda simbologia da natureza que trazia, foram os monges budistas de Tokugawa que introduziram o bonsai no zen budismo e foi também, de certa forma, por esse aspecto religioso que o bonsai se popularizou no Japão e as classes sociais menos favorecidas se interessaram pela arte de cultivar bonsai.
No Brasil, o início da arte bonsai é um pouco obscuro, mas acredita-se que tenha chegado em nossas terras durante a I Guerra Mundial (1914-1918) nesse período embora muitos japoneses tenham desembarcado no Brasil, a interação entre japoneses e brasileiros era quase nula, os imigrantes eram vistos com muito preconceito e considerados quase como escravos pelos agricultores criando uma relação muito difícil e tensa, em virtude disto mesmo que houvessem cultivadores de bonsai entre os imigrantes, seria difícil identificá-los e muito menos documentar, além disso muitos cultivadores mesmo nos dias de hoje, por motivos religiosos, filosóficos ou por tradição familiar, preferem o anonimato e não compartilham o conhecimento da arte com pessoas de fora de um restrito circulo familiar. Mas foi após a II Guerra Mundial que o bonsai começou a ser divulgado no Brasil e os brasileiros começam a se interessar por essa maravilhosa arte.
Hoje a arte se disseminou por todo o mundo sem exceção, as técnicas de cultivo se desenvolveram muito e de certa forma a arte foi democratizada e ainda e está evoluindo, dentro das bases deixadas pelos primeiros bonsaistas, mas sem esquecer os alicerces sobre os quais a arte se desenvolveu ao longo dos séculos, mesmo por que se assim não fosse estaríamos diante de uma arte distinta do bonsai.